Redaktor prowadzący, odpowiedzialny za daną dyscyplinę naukową, decyduje o przyjęciu tekstu do recenzji lub o jego odrzuceniu. Pod uwagę bierze kryteria formalne oraz swoją wstępną ocenę merytoryczną. W razie wątpliwości konsultuje się z redaktorem naczelnym lub z całą redakcją w trakcie kolegium.

Wszystkie nadesłane teksty są recenzowane zgodnie z zasadą podwójnie ślepej recenzji (double-blind review). W trosce o uzyskanie odmiennych perspektyw redakcja zadba o to, aby artykuł był recenzowany przez dwie osoby z różnych ośrodków naukowych lub badawczych, z którymi autor nie jest związany. Etap recenzowania z reguły nie przekracza dwóch miesięcy.

Recenzje zostaną przekazane autorowi w formie anonimowej opinii wskazującej na mocne i słabe strony treści merytorycznej wraz z prośbą o ustosunkowanie się do rekomendacji recenzentów. Tekst odsyłany do redakcji przez autora po etapie oceny powinien uwzględniać uwagi recenzentów oraz uwagi redakcji (jeżeli takie zostały przekazane). Jeżeli autor nie zgadza się z niektórymi rekomendacjami, powinien do tekstu dołączyć odpowiedź na recenzję. Jeżeli recenzent w swojej opinii dopuścił publikację tekstu pod warunkiem naniesienia znacznych korekt, poprawiony manuskrypt kierowany jest ponownie do tego samego recenzenta wraz z pisemnym ustosunkowaniem się autora do tej opinii.

Nazwiska wszystkich recenzentów „Edukacji Biologicznej i Środowiskowej” publikowane są raz w roku na stronie internetowej czasopisma.