Ochrona zwierząt w związku ze zwalczaniem chorób zakaźnych jest zagadnieniem złożonym. W razie wystąpienia takiego zagrożenia w kolizji pozostają ze sobą dwa rodzaje dóbr prawnych – życie i zdrowie ludzi oraz zwierząt, chronione przed rozprzestrzenianiem się choroby zakaźnej i wiążącymi się z tym zagrożeniami, oraz wolność zwierząt od zadawanego im bólu lub cierpienia. Ze względu na mogącą wystąpić szeroką skalę szerzenia się choroby zakaźnej zwierząt w ramach epizootii, ich uśmiercenie stanowi często jedyną szansę na przerwanie łańcucha epizootycznego i zatrzymanie dalszego rozwoju danej choroby. W konsekwencji ustawodawca przyznaje wyższy priorytet bezpieczeństwu zdrowotnemu osób i zwierząt przybywających na określonym terytorium w związku z zagrożeniem tego obszaru epizootią niż dobru pojedynczych osobników zwierząt. Niedopuszczalne jest jednak całkowite zrezygnowanie ze wszystkich aspektów ochrony humanitarnej zwierząt. Uzasadnione, ze względu na wystąpienie epizootii, uśmiercenie zwierzęcia nie eliminuje konieczności przeprowadzania takich czynności w sposób humanitarny.