Po zakończeniu kampanii wrześniowej 1939 r. duchowieństwo katolickie włączyło się do walki z hitlerowskim okupantem. Niniejszy artykuł odnosi się do obszaru Inspektoratu Armii Państwowej Nowy Sącz, który obejmował obwody (i jednocześnie okręgi konspiracyjne) Nowy Targ, Limanowa, Nowy Sącz i Gorlice. Już pod koniec września uchodźcy zaczęli tłoczyć się pod południową granicę Polski, szukając pomocy w przedostaniu się na Słowację, aby stamtąd przedostać się na Węgry i dalej do Francji. Punktem kontaktowym dla uchodźców stała się plebania w Gorcach i Beskidach. Księża skontaktowali ich z ludźmi, którzy przeprowadzili ich przez granicę i, jeśli konieczny był okres oczekiwania, zapewnili im zakwaterowanie. Od wiosny 1940 r. zorganizowano konspiracyjne komendy wydziałowe i okręgowe. Księża brali udział w charakterze kapelanów polowych, zapewniali łączność i dbali o podsłuch radiowy. Na podstawie otrzymanych wiadomości przygotowywali komunikaty dla prasy podziemnej. Na wielu plebaniach znajdowały się radioodbiorniki, z których korzystali także żołnierze podziemia. Polityka prześladowań i represji stosowana przez nazistów wobec narodu polskiego dotknęła także duchowieństwo katolickie. Wielu księży za swoją działalność konspiracyjną trafiło do więzień i obozów koncentracyjnych, wielu zostało inwalidami, a wielu zmarło. Jednak represje i poniesione ofiary nie zniechęciły ich do pracy podziemnej. Kiedy latem 1943 roku w Gorcach pojawiły się pierwsze oddziały partyzanckie, na plebanii znalazły opiekę dla rannych żołnierzy, żywność i odpoczynek. Latem 1944 r. w każdym oddziale był kapelan polowy, który udzielał pocieszenia duchowego i odprawiał zakwaterowanym Mszę św.. W ten sposób duchowieństwo na terenie okręgu inspekcji nowosądeckiej w istotny sposób przyczyniło się do walki o wyzwolenie Polska. Kilku księży zostało za to nagrodzonych odznaczeniami.