Kult świętych miał znaczący wpływ na życie religijne mieszkańców średniowiecznego Nowego Sącza. Świętym powierzali oni w prośbach swoje codzienne troski. Wierzyli mocno w opiekę i sprawcze wypraszanie łask świętych przed obliczem Boga. Szczególną czcią darzono główną patronkę fary, jak i miasta św. Małgorzatę antiocheńską, której kult rozwijał się jeszcze w okresie przed lokacyjnym (przed 1292 r.). Możemy również potwierdzić istnienie wezwania do Ducha Świętego, które do dziś funkcjonuje przy dawnym kościele premonstratensów. Przejawem kultu odnoszącego się bezpośrednio do Boga była także ufundowana w XV wieku altaria pw. Trójcy Świętej. Wśród świętych czczonych w wiekach średnich w nowosądeckim mieście byli: św. Wojciech B. M., św. Mikołaj, św. Walenty, św. Roch i św. Helena. Warto wspomnieć też, że szerzący się także wówczas kult maryjny i Krzyża Świętego był zasługą działalności zakonu franciszkanów i norbertanów. Nowy Sącz jako miasto zyskało na randze, dzięki posiadaniu relikwii (fragmentu ciała jednej z towarzyszek św. Urszuli, fragmentu Krzyża Świętego).