Ksiądz Jerzy Cezary, proboszcz z Nowego Targu, odwiedza w roku 1641 parafię w Czarnym Dunajcu. W Chochołowie, jednej z przynależnych wiosek, stoi kaplica zbudowana przez sołtysa. Pleban Jerzy Cezary, narzekając na brak wsparcia, zastanawia się nad zburzeniem kaplicy. Mieszkańcy Chochołowa skarżą się na odległość do parafii oraz trudności związane z uzyskaniem sakramentów. W rezultacie biskup i górale decydują, że kaplica w Chochołowie zostanie obsługiwana przez wikariusza. W roku 1637 proboszcz Jerzy Cezary zastaje zaniedbaną parafię, a w 1641 komisja biskupia nakazuje złożenie funduszy na budowę szkoły i remont kaplicy. Proboszcz dąży do rozbudowy kościoła i nałożenia obowiązków na poszczególne wsie. W tym czasie górale skarżą się na niedostatek duszpasterstwa, co wywołuje kolejne konflikty. W latach 1762-1764 toczy się spór między proboszczem a mieszkańcami Chochołowa dotyczący warunków utrzymania wikariusza i zobowiązań wobec kościoła. Mimo prób kompromisu, kwestie te pozostają nierozstrzygnięte, co wpływa negatywnie na funkcjonowanie parafii. Podsumowując, historia parafii w Chochołowie ukazuje trudności związane z organizacją duszpasterstwa w małej wsi oraz konflikty między proboszczem a mieszkańcami, wynikające z różnic w postrzeganiu obowiązków wobec Kościoła.