Najstarsza wzmianka o Gołonogu w dobrach biskupów krakowskich pod Siewierzem pochodzi z roku 1400; początki tej wsi sięgają jednak XIII–XIV wieku. Miejscowa legenda o pustelniku znana jest w źródle datowanym na rok 1570. W 1675 roku biskup krakowski Andrzej Trzebicki erygował w Gołonogu parafię i ufundował niewielki kościół pod wezwaniem Narodzenia Najświętszej Marii Panny i św. Andrzeja. Poświęcił kościół trzy lata później. Kult figury św. Antoniego, umieszczonej na ołtarzu, który w 1721 roku nazywano jeszcze „nowym”, rozpoczął się prawdopodobnie dopiero w pierwszych dwóch dekadach XVIII wieku. Zbudowany na szczycie wzgórza, zgodnie z panującymi barokowymi konwencjami, kościół zapewniał malowniczy widok na okolicę. Rosnący kult św. Antoniego i imponujące położenie kościoła mogły mieć wpływ na podjętą w 1753 r. przez biskupa Andrzeja Stanisława Kostkę Załuskiego decyzję o rozbudowie starej budowli. Drewnianą dzwonnicę zastąpiono dzwonnicą wznoszącą się nad fasadą. Inny wpis za rok 1753 wspomina o Bractwie Trójcy Świętej, którego członkowie zbierali pieniądze na okup za jeńców chrześcijańskich; tego typu działalność sugeruje powiązania z trynitarzami z podkrakowskiego Kazimierza. Po 1815 roku, kiedy tereny te weszły w skład Królestwa Polskiego pod zaborem rosyjskim, kościół na wzgórzu w Gołonogu zaczął być postrzegany jako dominujący element monumentalnej kompozycji urbanistycznej. To postrzeganie starego zabytku ugruntowało się, gdy fala industrializacji zaczęła zmieniać oblicze regionu, a zielone tereny wiejskie ustąpiły miejsca kopalniom i odlewniom. Napływ migrantów nie tylko zwiększył liczbę parafian, ale także przyspieszył procesy przemian społecznych w społecznościach lokalnych. Wyzwaniom stojącym przed księdzem Józefem Gąsiorowskim, który w latach pięćdziesiątych XIX w. objął parafię Gołonóg, nie ułatwiało coraz bardziej twarde stanowisko władz wobec Kościoła katolickiego. Kiedy zdał sobie sprawę, że rosyjska oficjalna władza pragnie udaremnić wszystkie jego wysiłki, zdecydował się działać dalej, lekceważąc procedury prawne i bez formalnej zgody. Prace ukończono w latach 1858-1859 pod kierunkiem Juliana Polcera, dyplomowanego inżyniera budownictwa cieszącego się dużym uznaniem za swoje chrześcijańskie zaangażowanie w sąsiedniej Dąbrowie Górniczej. Po zdjęciu rusztowania okazało się, że stary kościół dosłownie zastąpiono znacznie większym budynkiem. Minęło kilka lat, zanim stan ten de facto zyskał uznanie formalno-prawne. Należy podkreślić, że ks. Gąsiorowski informował konsystorz biskupa o każdym swoim posunięciu i działał za jego zgodą. To wtedy św. Antoni zastąpił św. Andrzeja na stanowisku patrona kościoła (główne poświęcenie Najświętszej Maryi Pannie pozostało nienaruszone) – zmiana ta odzwierciedlała rozwój lokalnego kultu św. Antoniego. Ponowną przebudowę kościoła przeprowadzono w latach 1889-1892 pod kierunkiem ks. Tadeusza Konarskiego. Aby powiększyć przestrzeń dostępną dla wiernych, do nawy dodano parę naw bocznych; Kolejną niemałą zmianą, jaka nastąpiła w tym czasie, było ponowne poświęcenie kaplicy św. Izydora, patronki chłopów, na kaplicę św. Barbary, patronki górników. Najbardziej znany jest obraz Jana Bukowskiego przedstawiający wnętrze kaplicy św. Antoniego z 1936 roku. ważne dziedzictwo okresu międzywojennego. Okupacja niemiecka (1939-1945) odcisnęła piętno na mieszkańcach Gołonoga, po której nastąpił okres represji stalinowskich. Jednak już w 1951 roku franciszkanie, zawsze zainteresowani założeniem tu przyczółka, uzyskali oficjalne pozwolenie na przejęcie parafii. Istniejący tam dzisiaj klasztor franciszkanów został założony w 1959 roku.