Wspólnota Kościoła narodowego pojawiła się w Bydgoszczy najprawdopodobniej w marcu 1925 r., czyli zaledwie kilkanaście miesięcy po utworzeniu pierwszych struktur w Polsce. Osobą, która przyczyniła się do rozpropagowanie tej idei i zarazem do zorganizowania jej zwolenników w strukturę parafialną, był Stanisław Zawadzki.
Działania organizacyjne od samego początku niosły ze sobą sporo bardzo złożonych wyzwań. W ówczesnym porządku prawnym, ażeby dany związek wyznaniowy uzyskał pełnie praw wynikających choćby z zapisów konstytucji, musiał uzyskać akceptację o randze ustawy. W innym przypadku był on niejako tolerowany w ramach zapewnionej w art. 111 i 112 ustawy zasadniczej indywidualnej wolności wyznaniowej. PNKK w tej sytuacji nie przysługiwały żadne uprawnienia dotyczące choćby ochrony prawnej właściwej innym związkom religijnym posiadającym osobowość prawną. Niosło to też za sobą pewne praktyczne konsekwencje, takie jak brak możliwości prowadzenia aktów stanu cywilnego, tworzenia swoich własnych cmentarzy wyznaniowych czy wpisywania ocen z religii na świadectwach szkolnych. Trochę inaczej kształtowała się ta sytuacja na terenach różnych byłych zaborów, gdzie jeszcze częściowo obowiązywało inne prawodawstwo. Najgorsze warunki były na obszarze dawnego zaboru rosyjskiego, gdzie udzielane przez księży PNKK śluby i rozwody czy też wystawiane metryki nie miały w praktyce żadnej mocy prawnej. Tutaj też starano się stosować wobec księży nowego obrządku normy prawne określone w art. 97 i 138 tzw. Kodeksu Tagancewa. W przypadku zastosowania sankcji określonych we wskazanej ustawie karnej kapłanowi Kościoła narodowego w skrajnych wypadkach mogła grozić kara pozbawienia wolności nawet do lat sześciu. Na szczęście zarówno prokuratury, jak i sędziowie unikali stosowania tak rygorystycznych sankcji i co najwyżej orzekano kary grzywny lub krótkotrwałego aresztu.