Metropolita Szeptycki objął przywództwo w Cerkwi w najtrudniejszym okresie stosunków polsko-ukraińskich. Rozpoczynając swoją posługę biskupią zapewniał, że darzy Polaków szacunkiem. Jednak mimo łagodnego początku prowadził antypolską politykę. Zarówno w czasie wojny ukraińsko-polskiej w 1918 r. o Galicję Wschodnią, jak i w czasie rzezi ludności polskiej przez szowinistów ukraińskich na Wołyniu i Małopolsce Wschodniej w czasie II wojny światowej zachowywał się raczej jak polityk a nie duszpasterz. Gdy abp. Bilczewski, a potem abp. Twardowski zwrócili się do niego z prośbą o powstrzymanie mordowania polskiej ludności cywilnej, udawał, że nie wie o co chodzi. Czasami można było odnieść wrażenie, że zapominał, że jego najważniejszym zadaniem jest głoszenie Ewangelii. Dla niego polityczne interesy Ukraińców czasami były ważniejsze. Zamiast dążyć do pojednania polsko-ukraińskiego wspierał ukraińskich nacjonalistów w ich walce z Polakami. Postępowanie Szeptyckiego doprowadziło do poważnego ochłodzenia jego relacji z polskimi biskupami.