Zmiany polityczne pociągały za sobą reorganizację struktury kościelnej. Parafia pilicka została oddzielona od diecezja krakowskiej i dekanatu wolhromskiego, stając się odtąd siedzibą nowo powstałego dekanatu polickiego. 7 XI 1797 r. pruski departament spraw zagranicznych zadecydował, by „Nowy Śląsk” w skład którego wchodziła również Pilica, przyłączyć do diecezji wrocławskiej, co też potwierdził papież Pius VII dnia 9 IX 1800 r. Faktyczny powrót parafii do diecezji krakowskiej nastąpił dopiero 22 X 1811 r. Stało się to możliwe dzięki przyłączeniu parafii pilickiej do Księstwa Warszawskiego, po pokoju tylżyckim w r. 1807. Już jednak w styczniu 1813 r. wkroczyły tu wojska rosyjskie, a od Kongresu Wiedeńskiego (3 V 1815), kiedy to utworzono Królestwo Polskie, połączone z Rosją, również i parafia pilicka należała do Królestwa.