Pierwsze seminaria diecezjalne założone w Polsce po Soborze Trydenckim były, z małymi wyjątkami, prowadzone przez jezuitów. Początek i wzór dla wszystkich innych seminariów dało najstarsze w Polsce seminarium w Braniewie, założone w 1565 r. przez biskupa Stanisława Hozjusza. Seminarium w Kaliszu założył prymas Stanisław Karnkowski, który obok Hozjusza i Protaszewicza stał się jednym z największych przyjaciół i dobroczyńców nowego zakonu jezuitów. Natychmiast po Zaraz po objęciu archidiecezji gnieźnieńskiej w 1582 r. Karnkowski poprosił o otwarcie seminarium w kolegium jezuickim w Poznaniu i drugiego w Kaliszu, gdzie również założył kolegium jezuickie. Otwarcie seminariów opóźniło się jednak do 1593 r., ponieważ kapituła katedralna w Gnieźnie zgłaszała różne zastrzeżenia wobec jezuitów i wskazywała na niekorzystne warunki materialne.
Oprócz biskupa Karnkowskiego, dwóch innych kapłanów w wybitny sposób zasłużyło się dla fundacji seminariów. Byli to Alfons Pisanus i Zygmunt Brodowski; pierwszy znakomity profesor, drugi wychowawca młodzieży, który szczególnie poświęcił się pracy nad powołaniami do kapłaństwa.
Program szkoły obejmował nie tylko dyscypliny humanistyczne, ale także teologię polemiczną. Teologia moralna, studium Pisma Świętego, ceremonie kościelne, śpiew i studium Pisma Świętego, ceremonie kościelne, śpiew i studium kalendarza. Pod koniec XVI wieku wprowadzono krótkie studium teologii dogmatycznej i wykłady z filozofii.
Seminarium diecezjalne w Kaliszu istniało do 1620 r., kiedy to prymas Wawrzyniec Gembicki przejął od jezuitów zarząd nad seminarium i przeniósł jego alumnów do Gniezna. Prymas uzasadniał ten fakt, jak podawano oficjalnie, tym, że jezuici mało uwagi poświęcali praktycznej formacji kapłańskiej kleru, zwłaszcza nauce ceremonii i chorału. Wskazał również, że w jego diecezji było wystarczająco dużo odpowiednich kapłanów, którzy mogliby przejąć opiekę nad duszpasterstwem. W rzeczywistości jednak chodziło o wrogie nastawienie kapituły katedralnej do zakonu jezuitów, który w tym czasie był uwikłany w spór z Akademią Krakowską.