Decyzję o założeniu seminarium duchownego w Poznaniu podjął 26 października 1564 roku synod diecezjalny. Stosując się do zaleceń Soboru Trydenckiego, faktycznie przestrzegał instrukcji synodu warszawskiego, który odbył się w 1561 r. i który wyraził wolę powierzenia kształcenia duchowieństwa polskiego już działającym szkołom. Dlatego Synod Poznański podjął decyzję o otwarciu seminarium duchownego w samej Akademii Lubrańskiej. Projekt ten nie powiódł się, biskupi poznańscy A. Konarski i Ł. Kościelecki poprosił jezuitów o przejęcie prowadzenia tego seminarium. Po negocjacjach przeprowadzonych z ich strony przez rektora kolegium J. Wujeka i wizytatora filii zakonu L. Mag-gio, w 1580 r. w pobliżu ich kolegium otwarto seminarium duchowne. Seminarzyści diecezji kujawskiego, którego przyszły biskup J. Roz-razewski przyjeżdżał tam na kształcenie. Około 1590 r. placówka liczyła osiemnastu uczniów.Jego utrzymanie przypadło głównie bogatym opactwom diecezji poznańskiej: benedyktynom lubińskim, cystersom z Przemętu, Paradyża, Bledzewa i Obry.Wg życzenia biskupa Konarskiego, Braniewo służył modelowi w poznańskim seminarium duchownym, choć z uproszczoną organizacją. Zatem po retoryce seminarzyści odbyli rok filozofii i dwa lata teologii. Najzdolniejszych kierowano wówczas do Akademii Wileńskiej, aby dokończyli studia w tych dwóch kierunkach.Wśród najwybitniejszych mistrzów można wymienić jezuitę. J. Uberusa. Po ukończeniu Kolegium Rzymskiego został prefektem seminarium duchownego w Braniewie i wykładał tam teologię moralną. Autor pism polemicznych, biegły w prawie kanonicznym, zlecany na różne misje, poznańskie seminarium duchowne cieszyło się bezpieczeństwem materialnym i nie cierpiało na brak kandydatów. Napotkał tylko jedną zasadniczą trudność – spór pomiędzy jezuitami a kapitułą, która chciała przenieść ją w pobliże katedry. Spór został rozstrzygnięty trzydzieści lat później, 26 maja 1614 r., poprzez ostateczne wycofanie się jezuitów.