Poznańska kapituła katedralna wykazywała duże zainteresowanie akademią co najmniej od połowy XVIII wieku, zwłaszcza w trudnych czasach wojen i zniszczeń. Łączyło to katedrę ze środowiskiem akademickim: profesorowie wygłaszali publiczne przemówienia podczas różnych uroczystości i w dniu patronów katedry, zajmowali zaszczytne miejsca w procesjach czy ważnych urzędach w diecezji. Czasem jednak rozdział musiał zapobiegać nadużywaniu przywilejów, jak w przypadku dyrektora akademii, który nadużywał przywileju noszenia mantoletu. Duży udział kapituły katedralnej w funkcjonowaniu akademii był przez uczelnię sukcesywnie zmniejszany. Przede wszystkim martwą literą pozostawał od początku wybór dyrektora akademii, w którym mieli uczestniczyć prowizorzy – uczelnia zawsze wysyłała swojego wybranego kandydata, który został symbolicznie zaakceptowany przez kapitułę. Faktem pozostaje, że ze względu na praktykę uczelni, kapituła utraciła szereg prerogatyw w odniesieniu do uczelni akademickiej. Jednak bliższe powiązanie z uniwersytetem doprowadziło do większej autonomii akademii, ponieważ niektóre uprawnienia przejęło jej zwołanie profesorów.