Inwigilacja duszpasterstwa akademickiego św. Anny była z jednej strony konsekwencją centralnie zaplanowanych działań służb bezpieczeństwa (ministerstwo, departament odpowiedzialny za walkę ze świecką opozycją i Kościołem). Działania te były wymierzone we wszystkie duszpasterstwa uniwersyteckie. Jednak inwigilacja duszpasterstwa św. Anny była również wynikiem inicjatyw podjętych przez ogniwa stołecznego aparatu policyjnego. W obu przypadkach duszpasterze i członkowie duszpasterstw byli szczególnie aktywni. Zadanie zbierania informacji o Duszpasterstwie Akademickim spoczywało na służbach szpiegowskich, które były szczególnie aktywne w okresach wzmożonego napięcia na linii państwo-Kościół (np. podczas inspirowanego przez władze konfliktu wokół obchodów tysiąclecia chrztu Polski) oraz podczas niektórych wydarzeń społeczno-politycznych (np. na początku lat 80.). W świetle przeanalizowanych źródeł liczba członków Duszpasterstwa Akademickiego św. Anny tajnie współpracujących z wywiadem wahała się od kilkunastu do kilkudziesięciu osób. Choć naprawdę wartościowych agentów było niewielu (zwykle dwóch lub trzech), ich działalność była na ogół bardzo skuteczna. Z zachowanej dokumentacji wynika, że działalność ta faktycznie umożliwiła wywiadowi infiltrację warszawskiego duszpasterstwa. Dzięki tajnym współpracownikom służb znano wewnętrzne i zewnętrzne formy jego działalności, gromadzono dokumentację dotyczącą jego członków, starano się poznać i neutralizować inicjatywy Duszpasterstwa Akademickiego, które z punktu widzenia władz uznawano za niebezpieczne dla interesów państwa. W tym okresie służby szpiegowskie umiejscowione wewnątrz Duszpasterstwa mogły wpływać na niektóre obszary jego działalności (np. seminaria duchowne, Diecezjalna Pielgrzymka Uniwersytecka w Warszawie) w celu wyeliminowania wszelkich podtekstów politycznych. Służby wywiadowcze stosowały wobec Duszpasterstwa Akademickiego św. Anny szeroki wachlarz środków zastraszania - od drobnych szykan po represje: przeprowadzano tzw. prewencyjne rozmowy ostrzegawcze z duszpasterzami akademickimi i członkami Duszpasterstwa, odwoływano obozy letnie i zimowe, stosowano różne sankcje wobec uczestników obozów, odwoływano spotkania, Uczestnikom Duszpasterstwa Akademickiego utrudniano również kontynuowanie studiów, próbowano ograniczyć ruch pielgrzymkowy prowadzony przez Duszpasterstwo, a kapelani i aktywni członkowie Duszpasterstwa byli wyśmiewani, aresztowani i internowani na różne sposoby. Ponadto nie można było wykluczyć możliwości akcji terrorystycznej ze strony niezależnej grupy ,,D" z Departamentu IV MSZ. Ogólnie rzecz biorąc, pomimo wysiłków służb bezpieczeństwa, współpracujących podmiotów administracji publicznej, organizacji studenckich i władz uniwersyteckich, inwigilacja Duszpasterstwa Akademickiego św. Anny nigdy po 1956 r. nie zdołała zniszczyć jego działalności, ani osłabić zainteresowania młodych ludzi tą formą ewangelizacji. Różne akty sabotażu nie zahamowały rozwoju duszpasterstwa, które stopniowo i systematycznie poszerzało zakres swojej działalności społeczno-religijnej. Każdego roku przyjmowało nowe grupy studentów. Duszpasterstwo stanowiło dla młodych ludzi podatny grunt do rozwijania duchowości, pogłębiania zainteresowań, kształtowania charakteru i postaw obywatelskich oraz otrzymywania wsparcia duchowego i materialnego. Pod tym względem walka milicji z Duszpasterstwem Akademickim św. Anny okazała się nieskuteczna.