Założone przez Kazimierza Odnowiciela w 1047 r. opactwo benedyktynów w Mogilnie przyczyniło się do odrodzenia arcybiskupstwa gnieźnieńskiego, a po zaangażowaniu się w chrystianizację Mazowsza przyczyniło się do powstania biskupstwa płockiego w latach 1075-1076. Gdy tylko w Wielkopolsce i na Mazowszu zakorzeniły się nowe struktury religijno-kościelne, mnisi mogileńscy zwrócili swą uwagę na Pomorze i Prusy. Aby jednak rozpocząć skuteczną działalność misyjną, konieczne było, po pierwsze, umocnienie struktur kościelnych na Kujawach, a po drugie, wzmocnienie klasztoru w Mogilnie i utworzenie jego prepozytur na Kujawach. Strategicznie rozmieszczone placówki miały pełnić funkcję baz zapasowych dla misjonarzy pracujących na Pomorzu, a być może później w Prusach. W rezultacie mnisi mogileńscy poparli utworzenie biskupstwa w Kruszwicy/Włocławku, utworzyli prepozyturę przy kościele św. Jana Chrzciciela we Włocławku oraz prepozyturę szpitalną, będącą filią tego pierwszego, przy kościele św. Gotarda. niedaleko Włocławka (miejsce to później nazwano Szpetalem). Tymczasem Mogilno budowało swój potencjał. Opaci nawiązali kontakty z Ottonem z Bambergu i opactwem św. Michała w Bambergu oraz przyjęli reformy Hirsauga w zakresie obserwacji monastycznej. W obliczu ponownego zagrożenia najazdami pruskimi i narastającego konfliktu z księciem wielkopolskim Władysławem Laskonogim, benedyktyni opuścili na początku XIII wieku swoją placówkę w Szpetalu. Pod koniec lat trzydziestych XII w. miejscowość przejęli cystersi; nie trwało jednak długo, zanim ich opactwo popadło w ruinę po dwóch niszczycielskich najazdach pruskich (1242-1243). Widząc, że cystersi nie spieszyli się z odbudową opactwa, jego fundator, wojewoda mazowiecki Bogusza, podjął decyzję o przekazaniu kościoła św. Gotarda wraz ze szpitalem benedyktynom z prepozytury św. Jana Chrzciciela we Włocławku. Jednak zaciekły opór cystersów spowodował, że benedyktyni na stałe zrzekli się wszelkich roszczeń do Szpetala. Próby przywrócenia obecności cystersów w Szpetalu nie powiodły się i w 1285 r. opactwo definitywnie zamknięto. Jego ziemie przejęło opactwo byszewskie. Stopniowe wygaszanie działalności misyjnej Mogilna w drugiej połowie XIII wieku doprowadziło do likwidacji prepozytury we Włocławku. Przekazanie kościoła św. Jana biskupowi włocławskiemu w zamian za część dochodów w 1315 r. oznaczało koniec kujawskiego rozdziału w dziejach opactwa mogilnieńskiego.