Zarówno Byszewo, jak i Koronowo, dawna i nowa siedziba tego klasztoru cystersów, znajdowały się na terenie diecezji włocławskiej. W konsekwencji losy klasztoru w dużej mierze zależały od relacji opata z miejscowym biskupem. Biskup Michał (1222-1252) nie tylko wyraził zgodę na założenie klasztoru, ale także zapewnił niezwykle potrzebne wsparcie materialne. Jego następcy woleli jednak chłodno podejść do opactwa. Taka postawa mogła być konsekwencją sformułowania przez następcę Michała Wolimira nowego zestawu priorytetów, który zobowiązał biskupów do poprawy bazy ekonomicznej biskupstwa włocławskiego. Brak intensywniejszych kontaktów czy współpracy między Włocławkiem a Byszewem mógł być także spowodowany słabością fundacji cysterskiej we wczesnym okresie jej historii. Dodatkowo na stosunki wpływał spór o tytuł prawny do majątku Szpetal. Byszewo stało się stroną tego sporu po przejęciu spadku po zlikwidowanym klasztorze w Sulejowie. Przełom w stosunkach opactwa z biskupstwem nastąpił ostatecznie w kwietniu 1288 r., kiedy klasztor byszewski uzyskał pozwolenie na przeniesienie się w inne miejsce — zwane później Koronowem — w zamian za zrzeczenie się wszelkich roszczeń do majątku Szpetal, który przeszedł w posiadanie biskupa włocławskiego. Później biskupowi Gerwardowi przypisano tytuł dobroczyńcy mnichów. Zwyczaj włączania imienia miejscowego biskupa do codziennych modlitw mnichów sięga czasów, gdy urząd objął jego następca (1362). Można było zobaczyć cystersów byszewskich biorących udział w corocznych uroczystościach z okazji poświęcenia katedry włocławskiej, zaś biskupi pośredniczyli i pomagali byszewskim mnichom w transakcjach zakupu ziemi. Choć stosunki uległy poprawie, nie wszystko można było brać za pewnik. Kontakty pozostawały zatem dość nieregularne i biskupi włocławscy najprawdopodobniej nie zatrzymywali się w klasztorze podczas wizyt duszpasterskich w okolicy.