Historia parafii rzymskokatolickiej w Tomsku sięga czasów placówki misyjnej założonej przez białoruskich jezuitów w 1812 roku. Siedziba ich misji znajdowała się w Irkucku, odwiedzali Tomsk, gdzie mieli murowany dom z kaplicą, kilka razy w roku. Po wypędzeniu jezuitów z Rosji w 1820 r. parafię przejęli bemardyni. Liczba katolików w okolicy wzrosła w wyniku wojen napoleońskich i stłumienia polskiego powstania listopadowego 1831. Wybudowano kościół pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny Różańcowej w 1833 r. W latach 1835-1862 parafią opiekował się o. Hieronim Hrynciel, dominikanina, który zadbał o odpowiednie wyposażenie nowego kościoła. W 1862 r. parafię Tomsk przejęli księża diecezjalni. W 1905 roku Akt Tolerancji cara Mikołaja II poprawił sytuację katolików. Parafię Tomsk podzielono na kilka nowych parafii. Syberia została podzielona na dekanaty i w 1911 roku Tomsk wraz z 35 700 katolików różnych narodowości stał się siedzibą dekanatu. Wspólnota katolicka potrafiła zorganizować Towarzystwo Dobroczynności, szkołę katolicką, dom starców i sierociniec. Przygotowania do budowy kolejnego kościoła zostały przerwane przez rewolucję 1917 roku. W latach 1917-1938 Kościół katolicki narażony był na szykany i prześladowania. Zakazano wszelkich form nauczania religii w szkołach i poza nią dla dzieci i młodzieży poniżej 18 roku życia. Duchowni i członkowie komitetu parafialnego zostali aresztowani. Majątek parafii został skonfiskowany. Ostatecznie w 1938 roku sam kościół został przekształcony w instytucję publiczną. Katoliccy demonstranci nadal spotykali się prywatnie w swoich grupach etnicznych. Sytuacja wspólnoty katolickiej w Tomsku nie poprawiła się ani po śmierci Stalina, ani po dojściu do władzy Nikity Chruszczowa. Pomimo wysiłków miejscowym katolikom nie udało się przejąć ich kościoła. Sytuacja zaczęła się zmieniać dopiero w latach 80. W 1983 roku ks. Józef Świdnicki dokonał rejestracji parafii, a w następnym roku pomógł w zakupie domu, który od tego czasu służy jako kaplica. W 1990 roku w trakcie Pieriestroiki Gorbaczowa wspólnota katolicka Tomska wreszcie odzyskała swój stary kościół. Podczas gdy ks. Antoni G. Sell ożywił życie parafialne, Tomsk stał się siedzibą dwóch zgromadzeń żeńskich. Nastąpiło odrodzenie tradycji miłosierdzia, parafia wspiera schronisko dla bezdomnych i kakatolickie gimnazjum. W okresie powojennym wspólnota katolicka w Tomsku składała się głównie z Niemców z Wołgi i ludności z republik bałtyckich. Była też garstka Polaków, którzy przeżyli czystki lat 30. XX w., i ich dzieci. W latach 90., kiedy Niemcy, Litwini i Łotysze powrócili do ojczyzn swoich przodków, kościół stopniowo stał się miejscem spotkań ludzi, których łączy poszukiwanie Boga. Ponieważ ich tożsamość narodowa i rasowa została nierozerwalnie wymieszana w sowieckim tyglu, wolą nazywać siebie „narodem post-sowieckim”.