Najstarszy budynek w miejscu obecnego kościoła w Oliwie powstał na zlecenie fundatora i jego potomków w latach 80. XII w. (Oliwa I) i na początku XIII w. (Oliwa II). Pierwsza budowla, Oliwa I, składała się z małego oratorium z krzyżowym sklepieniem, absydy skierowanej na wschód i wieżyczki z klatką schodową od południowego-zachodu. W nowym planie Oliwy II, oratorium stało się prezbiterium, podniesione do poziomu fryzu pod okapem w transepcie. Kolejna faza budowy, datowana na okres od 1230 do 1250 roku, przyniosła odbudowę opactwa w stylu bernardyńskim. Transept został flankowany od wschodu dwiema kaplicami, a w ramieniu północnym dodano także kaplicę od strony zachodniej. Cały budynek podzielono na trzy przęsła, a fasadę uzupełniono wieloboczną wieżyczką w południowo-zachodnim narożniku nawy. Szczegóły architektoniczne wskazują na wpływy dwóch różnych stylów: duńskiego i północnoniemieckiego. W latach 70. i 80. XIII w. doszło do całkowitej zmiany planu architektonicznego wschodniej części kościoła. Rozebrano absydę prezbiterium i powiększono je o dodatkowy filar. Bliźniacze kaplice wschodnie zostały zastąpione dwiema nawami, tworząc zintegrowaną, trójnawową salę. Nowe prezbiterium połączono z nawami bocznymi czterema ostrołukowymi arkadami, a gładka ściana prawdopodobnie zamykała korytarz. Ta przebudowa stawia Oliwę przed Koronowem jako przykład tego typu założenia architektonicznego. Po pożarze w 1350 roku, który zniszczył opactwo oliwskie, nie dokonano już większych zmian ani przeróbek w budowli.