Dzieje archiwum kościoła św. Marka w Krakowie wiążą się ściśle z bogatą historią tej starej świątyni, z jej burzliwą przeszłością. Kościół został ufundowany przez Bolesława Wstydliwego i usytuowany przy zbiegu ulic Sławkowskiej i Rogackiej (dziś św. Marka), dla sprowadzonego przez księcia w 1257 r. zakonu kanoników regularnych od pokuty błogosławionych męczenników, zwanych później rogaczami lub markami. Wczesne dzieje kościoła, a z nim archiwum naznaczały kolejne pożary (1494, 1528, 1544, 1589, 1724) nierzadko nawiedzające miasto, niszczące zabytkowe budynki, a wraz z nimi wszelkie ślady przeszłości. Gmachy kościoła i klasztoru podnoszono z ruin, nadawano im nowe kształty (po pożarze z 1589 r. kościół został gruntownie odnowiony i ponownie poświęcony), zaś dokumenty i archiwalia ginęły, niestety, bezpowrotnie. W skrótowym przeglądzie zawartości archiwum kościoła św. Marka w Krakowie nie sposób przedstawić bogactwa i różnorodności znajdującego się tam materiału. Dla podkreślenia tej różnorodności, należy wymienić i te akta, które nie posiadają bezpośredniego związku z zespołem Domu Księży Emerytów i kościoła św. Marka, a dostały się tu najczęściej z powodu pełnienia rozlicznych funkcji przez księży rektorów. Wraz z ks. Walentym Janikowskim zawędrowały więc tutaj akta kościoła Św. Krzyża; wraz z ks. Ludwikiem Jurgowskim akta fundacji Ludwiki Wężykowej i fundacji Hallerowskiej, a z ks. Aleksandrem Obrubańskim akta parafii Strzelce Wielkie. Dopiero ostateczne uporządkowanie archiwum Kościoła św. Marka i sporządzenie szczegółowego inwentarza pozwoli na korzystanie z tych ciekawych materiałów archiwalnych.