W 1743 r. Zakon Bazylianów dokonał reorganizacji w Rzeczypospolitej, wybierając centralny zarząd, na którego czele stał generał (protoarchimandryta). Trzydzieści lat później Zakon miał 147 klasztorów i duszpasterstw z 1258 mnichami, w wyniku rozbiorów (1772-1795) pod panowaniem rosyjskim znalazło się 99 klasztorów, w których mieszkało 870 mnichów bazylianów. Pomimo wcześniejszych gwarancji dla katolików obu obrządków, cesarzowa Katarzyna II i jej następcy prowadzili systematyczną politykę mającą na celu rozwiązanie zakonu bazylianów, uznawanego za moralną i intelektualną ostoję unitów. Po zniesieniu godności protoarchimandryty w 1803 r. nastąpiła kasata struktur prowincjonalnych Zakonu w 1828 r. Zakonnicy zostali oddani pod jurysdykcję miejscowych biskupów. Do nowicjatu nie wolno było przyjmować kandydatów pochodzenia łacińskiego. Cerkiew prawosławna umacniała swoją dominującą pozycję, czemu towarzyszyły różne środki karne po upadku powstania listopadowego (1831). Obejmowały one stopniową kasatę tych klasztorów, które miały przeciwstawić się ostatecznej likwidacji Kościoła unickiego (która nastąpiła w 1839 r.). W rezultacie w 1839 r. pozostało zaledwie 251 mnichów bazylianów. Prawie 70% z nich odmówiło przejścia na prawosławie, ponad 20% zostało deportowanych. Ponieważ większość klasztorów bazylianów została zamknięta do 1839 roku, wydawało się, że nic nie stoi na przeszkodzie całkowitej rusyfikacji Kościoła unickiego.