W połowie XIX wieku zarówno domy męskie, jak i żeńskie karmelitów bosych znalazły się w poważnym kryzysie. W Galicji zapoczątkowały go w drugiej połowie XVIII w. projekty modernizacyjne Józefa II, w Królestwie Polskim zakony kontemplacyjne zostały rozwiązane przez władze rosyjskie w latach 1795-1832. Niepewna sytuacja polityczna w Polsce zadecydowała o losach Kościoła katolickiego i jego zakonów. Jednak pomimo wszystkich trudności Karmelitom Bosym udało się powrócić do źródeł swojej duchowości, św. Jana od Krzyża i św. Teresy z Avila, i rozpocząć udaną reformę swoich domów. Odnowa zapoczątkowana przez siostry karmelitanki, których przybycie do Poznania z Belgii w 1867 roku zostało zatrzymane przez rozwijający się Kulturkampf. W 1874 roku zakonnice uznano za niepożądane cudzoziemki i zmuszono do opuszczenia Prus. W grupie sióstr, które przeniosły się do Krakowa, znajdowała się s. Maria Ksawera z domu Maria Grocholska, wdowa po hr. Witoldzie Czartoryskim (zmarłym w 1865 r.), która utrzymywała bliskie kontakty z Hotelem Lambert w Paryżu, ośrodkiem emigracyjnym Czartoryskich. Jej bracia, Tadeusz i Stanisław Grocholski, przeznaczyli znaczne sumy na budowę klasztoru Opieki św. Józefa w Krakowie-Łobzowie, z którego powstały nowe domy karmelitanek bosych w Przemyślu (1884), Lwowie (1888) i Poznaniu (1888). Klasztor w Krakowie-Łobzowie odegrał zdecydowaną rolę w odrodzeniu Prowincji Karmelitów Ducha Świętego w Polsce. Dzięki s. Marii Ksawerze od Jezusa do zakonu karmelitów bosych wstąpił Józef Kalinowski, bojownik powstania styczniowego 1863-64 i mieszkaniec Hotelu Lambert. Dzięki jej staraniom Definitorium Generale zakonu odnowiło w 1880 roku klasztor w Czernej i wysłało tam grupę braci z prowincji karmelitów Europy Zachodniej na czele z o. Rafałem od Świętego Józefa. Czerna stała się z kolei „matką” domu karmelitańskiego w Wadowicach. Założony przez Rafała Kalinowskiego w 1892 r. stał się na następne dziesięciolecia kolebką powołań karmelitańskich w Polsce. Listy s. Marii Ksawery od Jezusa, adresowane głównie do Izabeli Działyńskiej i Władysława Czartoryskiego, są zapisem jej niestrudzonych wysiłków na rzecz odrodzenia wspólnot karmelitów i duchowości karmelitańskiej w Galicji na przełomie XIX i XX wieku.