Historia największego poznańskiego sanktuarium eucharystycznego, pod wezwaniem Bożego Ciała, sięga końca XIV wieku i cudu odnotowanego niedokładnie w najwcześniejszych źródłach. Więcej informacji można znaleźć w dokumentach z drugiej połowy XV wieku. Zawierają one zarzuty, że w wyniku zdarzenia, które miało miejsce w 1399 r., Żydzi zbezcześcili Hostię. Motyw ten, obecnie uważany za drugorzędny, został znacznie rozwinięty w okresie kontrreformacji. Od końca XVI w. początki sanktuarium związane są z historią Cudu Trzech Zastępów. Dynamiczny rozwój kultu eucharystycznego w Poznaniu zwrócił uwagę króla Władysława Jagiełły. Wyszedł on z inicjatywą ufundowania kościoła dla klasztoru karmelitów, który powstawał w miejscu związanym z cudem. Król Władysław Jagiełło postrzegał sanktuarium jako wyraz uznania i znak Bożej Opatrzności opiekującej się jego ziemiami i majątkiem. Fundamenty kościoła i chóru ukończono w 1434 roku, w którym zmarł. Nawę budowano etapami w drugiej połowie XV wieku. Całość początkowo pomyślana była jako kościół halowy; jednak w wyniku nieznanej katastrofy porzucono ten plan na rzecz konstrukcji pseudosalowej. W drugiej fazie wzniesiono masywne filary oddzielające nawę główną od naw bocznych. W trzeciej fazie, która mogła sięgać poza rok 1500, ściany uzupełniono dachami i stropami. Plan kościoła, a zwłaszcza niemal czworokątny zarys nawy, przypomina plany szeregu XIV-wiecznych kościołów krakowskich, m.in. Mariackiej oraz kościoły zakonów (dominikanów, augustianów i kanoników regularnych). Wydaje się, że do pierwszego etapu budowy kościoła Bożego Ciała w Poznaniu zastosowano umiejętności i wiedzę związaną z budową kościołów krakowskich. W dalszej fazie prace przejął lokalny warsztat, który być może miał swoje korzenie na Warmii. Z tym etapem budowy należy wiązać zachowane w źródłach nazwisko mistrza budowlanego Wojciecha Łobżeńskiego. Teren, na którym budowano kościół, był podmokły i narażony na regularne powodzie. Być może było to powodem wprowadzenia szeregu zmian w planach. Chór wykonano krótszy niż w kościołach krakowskich; konstrukcję hali zastąpiono systemem pseudohalowym; zwiększono liczbę filarów pomiędzy nawą główną a nawami bocznymi. Z analizy arkady wschodniej po stronie południowej wynika, że w tym miejscu znajdowała się kiedyś kaplica. Być może było to pierwotne sanktuarium cudownej Hostii, później (tj. w XVI w.) przeniesione do nowej kaplicy po północnej stronie prezbiterium.