Ze względu na duży brak duchownych i skąpe środki na utrzymanie kleryków nauka seminaryjna trwała zwykle tylko dwa lata. Zależało to od zaawansowania akademickiego kandydata lub otrzymania beneficjum, po którym nastąpiły święcenia. Nic więc dziwnego, że ówczesny poziom akademicki w seminariach nie był wysoki. Konieczność przeprowadzenia reform akademickich i oświatowych zauważył w swoich seminariach duchownych biskup Michał Jerzy Poniatowski (1773-1785), dbając o wykształcenie i awans akademicki duchowieństwa, a także o wzrost jego liczebności. Oddzielił teologię dogmatyczną od teologii moralnej, wprowadził historię Kościoła, prawo kanoniczne, egzegezę ksiąg Pisma Świętego, a jednocześnie wprowadził przedmioty świeckie, takie jak arytmetyka, geometria czy geografia. Regulamin przewidywał dwadzieścia cztery godziny wykładów w tygodniu. Kolejne zmiany w regulaminie wprowadził biskup Michał Nowodworski. Z kursu przygotowawczego i filozoficznego usunięto historię ogólną, literaturę polską i kaligrafię. Natomiast na dwóch kursach wprowadzono święte kaznodziejstwo, do kursu przygotowawczego dodano wprowadzenie do historii Kościoła, a na kursie filozofii wprowadzenie do kaznodziejstwa świętego. Kolejnym biskupem zasłużonym dla Seminarium Duchownego w Płocku był Antoni Nowowiejski (1908-1941). To on – z okazji jubileuszu 200-lecia Płockiego Seminarium Duchownego – wyjednał u Stolicy Apostolskiej przywilej udzielania matury teologicznej bardziej pracowitym i utalentowanym absolwentom. Dzięki podjętym reformom absolwenci Seminarium Duchownego byli dobrze wykształceni i posiadali odpowiednią formację duchową.