Po Soborze Trydenckim podjęto m.in. zalecenia dotyczące przygotowania kandydatów do kapłaństwa. Ordynariusze zostały bowiem zobowiązani do troski o zapewnienie kadr kapłańskich. Ich następstwem było zakładanie seminariów duchownych i większa dbałość o formację intelektualno-ascetyczną przyszłych duszpasterzy. W archidiecezji gnieźnieńskiej działały do 1660 r. dwa seminaria duchowne w Kaliszu i Gnieźnie i planowano erekcję kolejnego w Kamieniu (Krajeńskim) dla kandydatów języka niemieckiego. Ich działalność, choć bardzo ograniczona co do możliwości kształcenia kandydatów do kapłaństwa, zapoczątkowała nowy kierunek w formacji do kapłaństwa. W kolejnych stuleciach doprowadzono bowiem do obowiązkowego pobytu w tych zakładach wszystkich kandydatów do wyższych święceń. W seminariach w Kaliszu i Gnieźnie, fundowanych przez prymasa Stanisława Karnkowskiego, miało przebywać po 12 alumnów utrzymywanych całkowicie na koszt archidiecezji. Pierwsze z nich rozpoczęło swoją działalność w 1593 r. przy kolegium jezuitów, którzy nim zarządzali i wykładali. Funkcjonowało ono do 1621 r., kiedy przeniesiono tamtejszych kleryków do Gniezna. Drugie seminarium erygował prymas w stolicy archidiecezji w 1602 r., przy katedrze. Zarządzali nim księża diecezjalni. Działało ono mimo różnych przeszkód przez cały omawiany okres.