Około 1622 r. benedyktynki w Wilnie przyjmowały uczennice. Wpisywało się to w powszechny trend zakładania szkół, wynikało to także z niedostatków klasztoru, który potrzebował działalności zarobkowej. Kiedy dzięki posagom dwóch córek magnata (1700) powiększyło się uposażenie zakonu, przez następne stulecie jego działalność szkolna okresowo zanikała i została wznowiona. Pod wpływem idei oświeceniowej na polecenie biskupa (1792) utworzono szkołę dla biednych dziewcząt, których nauczano na koszt klasztoru, oraz internat dla dziewcząt zamożnych. Kilka zakonnic pracowało jako nauczycielki, guwernantki opiekujące się na stałe dziewczętami i nauczycielki spoza klasztoru otrzymywały wynagrodzenie. Źródła pozwalają dokładnie prześledzić szybki rozwój programu szkolnego: wprowadzenie nowych kursów i wydłużenie godzin lekcyjnych w latach 1805-1827. Szkoła została zamknięta przez rząd rosyjski w 1843 roku.