Budowa pierwszych organów w stradomskim kościele rozpoczęła się nie wcześniej niż w 1732 r., a zakończyła przed 1745 r. Nazwisko organmistrza pozostaje nieznane. Z biegiem lat instrument, który pierwotnie miał 17 głosów, był wielokrotnie naprawiany. W 1827 r. Piotr Radwański otrzymał zapłatę za remont. W latach 1845-1848 za regencyjną obudową XVIII-wiecznych organów wybudował nowy, krakowski Ignacy Wojciechowski, z 12 głosami i jednym manuałem z pedałem. W latach 1874-1892 organami opiekował się Tomasz Wojciechowski, syn Ignacego. Przed 1875 r. wybudowano jeszcze jeden głos, a w 1901 r. miał miejsce remont przeprowadzony przez Tomasza Falla ze Szczyrzyca. W latach 20. XX w. Stanisław Żebrowski z Krakowa naprawił najpierw miechy (w 1921 r.), a następnie organy (w 1928 r.) i dodał kilka nieokreślonych piszczałek. W latach 1962-1963 firma Wacława Biernackiego z Krakowa zbudowała nowy instrument z XVIII-wiecznej obudowy i części piszczałek z poprzednich organów.