W połowie XIII w. cystersi zaczęli zakładać kolegia uniwersyteckie. Na początku XVI wieku na prawie każdym większym uniwersytecie europejskim istniało kolegium cystersów. Polska gałąź Zakonu stosunkowo późno włączyła się w „misję szkolną”. Pierwsza inicjatywa w tym zakresie pojawiła się dopiero w XV wieku. To właśnie w latach 1401 i 1416-7 powstały w Krakowie dwie fundacje cystersów. Obszar dorzecza studium krakowskiego został wyznaczony w 1417 r. na soborze w Konstancji przez opata z Citeaux. Oznajmił, że Kraków powinien być ośrodkiem cystersów z Królestwa Polskiego i obszaru arcybiskupstwa gnieźnieńskiego. Jednakże orzeczenie to stanowiło naruszenie praw opata Altzelle. W 1413 roku opatowi, kierującemu kolegium św. Bernarda w Lipsku, powierzono „misję szkolną” na Śląsku i Pomorzu Gdańskim. Rozbieżność prawna doprowadziła do przedłużającego się konfliktu pomiędzy opactwem Mogiła w Krakowie a Altzelle. Sprawę rozstrzygnięto dopiero pod koniec stulecia, kiedy to Kraków potwierdził swoje roszczenia do kontroli nad szkolnictwem śląskich klasztorów. Klasztory północne (zwłaszcza Pelplin), które konsekwentnie odmawiały uginania się przed Krakowem, uzyskały pozwolenie na samodzielne decydowanie o wyborze uczelni dla swoich uczniów.